За нарушения филиалов отвечает головная организация

Филиалы являются лишь исполнителями обязательств по уплате налогов и взносов. Ответственность же лежит на самом юридическом лице.
⠀
Поэтому абсолютно не имеет значения, где было совершено нарушение. К тому же, пенсионный фонд России не имеет права штрафовать филиал за просрочку отчетности по персонифицированному учету.